1993 г. – создан научный отдел.
1993 г. – введение рейтинговой системы контроля знаний студентов.
1995 г. – создан отдел дополнительных образовательных услуг.
1996 г. – получен статус государственного педагогического университета.
1996 г. – утверждено звание почетного профессора университета.
1997 г. – осуществлен первый выпуск бакалавров.
1998 г. – вуз вступил в Ассоциации университетов прикаспийских государств.
2001 г. – впервые открыта магистратура по 5 направлениям.
В 1990-е – начале 2000-х гг. проходила реорганизация факультетов, в результате которой были созданы факультеты: психолого-педагогический, исторический, юридический, филологический, социально-экономических знаний, дополнительного профессионального образования – и Естественный институт в составе геолого-географического и химико-биологического факультетов.